1905년 1월에 충주향교의 명륜당에서 사숙(私塾)을 설립하여 학생을 가르친 것이 그 전신이다. 조한설(趙漢卨)이 초대 교장으로 임명되어 주로 한문을 전수하다가, 1906년 2월에 충주공립보통학교로 정식 인가되어 수업연한 4년에 20명의 신입생으로 출발하였다.
1908년 2월충주읍 성내동으로 교사를 신축, 이전하였고, 1909년 3월에 제1회 졸업생 15명을 배출하였다. 1916년 4월에 처음으로 여학생을 입학시켰으며, 1921년 수업연한이 6년으로 연장되었다.
1915년 4월 졸업생 및 지방 유지의 요구로 구한말 정청이었던 중원관(中原館)을 개수하여 간이농업학교를 부설, 농사일반을 교수하다가 1922년 2월까지 7회 155명의 졸업생을 배출하고 폐지되었다.
1926년에 2년제 고등과를 병설하여 1946년 7월까지 19회 614명의 졸업생을 배출한 뒤 폐지되었고, 1932년 9월 현재의 위치에 교사를 신축, 이전하였으며, 1937년충주제2보통학교(지금의 남산초등학교)의 신설로 교명을 충주제1공립보통학교로 개칭하였다.
1938년 4월충주교현공립국민학교로 개칭하였으며, 광복 후 염만천(廉萬天)이 교장에 취임하고 1950년충주교현국민학교로 개칭하였다. 6·25전쟁으로 본관 목조건물이 소실되어 1957년에 2층본관을 개축하였다가, 1986년 태양열식 3층으로 된 현대식 교사를 완공하였다. 1996년 3월에 충추교현초등학교로 교명을 변경하였다.
1998년 3월 현재 38학급에 재학생 1,476명, 교사 46명이고, 졸업생은 89회에 총 2만4343명을 배출하였으며, 병설유치원 3학급을 운영하고 있다. 21세기를 주도할 도덕적이고 자주적이며 창조적인 사람을 기른다는 교육이념 아래 ‘도덕인·자주인·능력인·건강인·심미인’ 등 다섯 가지 교육목표를 설정, 운영하고 있다.
교육부지정·도지정 연구학교를 운영하였고, 학교방송시설을 완비하여 학생들만으로 학교방송을 운영하는 등 자발적인 학생활동이 활발히 이루어지고 있다.