모든 국민은 ‘법률에 정한 법관에 의한 재판을 받을 권리’를 가지므로 원칙적으로 일반법원의 재판을 받고 군사법원에 의한 재판은 일정한 경우로 제한되어 있다.
즉, 모든 국민은 군인·군무원인 경우, 중대한 군사상의 비밀·초병·초소·유해음식물공급·포로·군용물·군사시설에 관한 죄 중 법률이 정한 경우, 비상계엄이 선포된 경우 및 대통령이 법원의 권한에 대하여 비상조치를 한 경우를 제외하고는 군사법원의 재판을 받지 아니한다.
특별법원으로서의 군사법원을 두는 이유는 군사재판의 특수성을 고려하여 그 재판권을 군 자체에 부여함으로써 군형사사법작용의 합리적인 운용을 시도하려는 것이다. 헌법상 군사법원의 조직과 권한 및 재판관의 자격은 법률로 정하도록 되어 있다.
군사법원 운영은 「군사법원법」과 「군법무관임용법」에 의해 규정되고 있는데, 회의의 조직·권한 및 그 심판절차와 군검찰의 조직에 관하여는 「군사법원법」이 규정하고 있고, 군법무관으로 임용될 자의 자격에 관하여는 「군법무관임용법」이 규정하고 있다.
군사법원은 제1심인 보통군사법원과 제2심인 고등군사법원이 있고, 제3심은 대법원이 담당한다. 고등군사법원은 국방부 본부와 각군 본부에 설치하고, 보통군사법원은 국방부본부, 그 직할통합부대, 각군 본부 및 예하부대 중 장관급 장교가 지휘하는 부대에 설치한다.
군사법원의 행정사무는 관할관이 관장하는데, 고등군사법원의 관할관은 국방부장관으로 하며, 보통군사법원의 관할관은 그 설치되는 부대와 지역의 사령관, 장 또는 그 책임지휘관으로 한다.
군사법원에는 심판관·군판사·서기·정병(廷兵) 등의 직원이 있는데, 심판관은 법률에 소양이 있고 인격과 학식이 충분한 장교 중에서, 군판사는 군법무관 중에서 각군 참모총장이 임명한다.
보통군사법원의 심판기관은 1인의 심판관과 2인의 군판사로 구성된 3인의 재판관으로 조직되고, 고등군사법원은 2인의 심판관과 3인의 군판사로 구성된 5인의 재판관으로 조직된다.
재판관은 헌법과 법률에 따라 독립하여 심판하며, 재판에 관한 직무상의 행위로 인하여 징계 기타 불리한 어떤 처분도 받지 아니한다. 재판관은 군판사를 제외하고는 피고인보다 같은 계급 이상인 자이어야 한다.
군사법원이 관할하는 사건에 대한 범죄수사, 공소제기와 그 유지, 재판집행의 지휘·감독 등의 업무는 군검찰부의 검찰관이 수행한다. 군검찰부는 고등검찰부와 보통검찰부로 나누어지고, 고등군사법원과 보통군사법원에 각각 부치(附置)된다. 검찰관은 군법무관 중에서 관할관이 임명한다.
헌병과의 장교·준사관·부사관 및 방첩부대에 소속되어 방첩사무에 종사하는 장교·준사관·부사관과 군무원은 군사법경찰관으로서 범죄를 수사한다. 헌병인 병(兵)과 방첩부대에 소속되어 방첩사무에 종사하는 자는 군사법경찰로서 수사를 보조한다.
군사법원의 심리와 판결은 공개함이 원칙이나, 다만 안녕질서를 방해하거나 풍속을 해할 염려가 있는 때, 또는 군기보지(軍機保持)를 위하여 필요한 경우에는 군사법원의 결정으로 공개하지 않을 수 있다.
재판은 재판관 전원의 평의(評議)로써 결정하되, 평의의 절차는 공개하지 아니하고 그 전말과 의견은 비밀로 한다. 군사법원이 피고인을 구속하거나 공판정 밖에서 압수·수색을 함에는 영장을 발부해야 하는데, 영장에는 재판장 또는 군판사가 서명, 날인하여야 한다.
군검찰관은 관할관의 영장을 받아 피의자를 구속하거나 압수·수색·검증을 할 수 있고 군사법경찰관은 군검찰관에게 청구하여 관할관의 영장을 받아 이를 할 수 있다. 관할관이 구속영장을 발부함에는 군판사의 의견을 들어야 한다.
그 밖에 범죄수사와 공소의 제기 및 심판의 절차와 방법 등은 「형사소송법」에 규정된 내용과 동일하고, 구속적부심사·보석·재정신청(裁定申請)·증거보전 기타 「형사소송법」에 규정되어 있는 여러 제도도 모두 규정되어 있다.
공판절차 없이 재판하는 약식절차에 관한 규정은 없다. 재판의 종류와 내용 및 그에 대한 불복상소절차 역시 일반법원의 경우와 동일하다. 다만, 군사법원의 판결은 관할관의 확인을 받아야 하고 이 때 그 형이 부당하다고 인정하는 때에는 감형 또는 집행의 면제를 할 수 있다.
군사법원의 재판에 대하여 볼복이 있는 경우에는 고등군사법원 및 대법원에 상소할 수 있다. 다만, 비상계엄이 선포된 경우 군인·군무원이 범한 죄, 기타 일정한 죄에 대하여는 상소가 제한되어 재판은 단심으로 끝난다.
이 경우 그 재판을 집행함에는 관할관의 확인을 받아야 하며 이때 만약 양형이 부당하다고 인정하는 때에는 감형 또는 집행의 면제를 할 수 있다.
군사법원의 내부규율과 사무처리를 규정하기 위한 대법원규칙으로서 「군사법원사무규칙」이, 군검찰의 운영사항을 규정하기 위한 대통령령으로서 「군검찰사무운영규정」이 제정되어 있고, 일반법원과 군사법원 간의 재판권의 쟁의를 해소하기 위하여 군사법원의 재판권에 관한 법률이 제정되어 있다.