귀환할 즈음 적의 기습으로 패배해 여러 장수들은 유배되었지만, 김순고는 전공이 있어 처벌을 면하였다. 1537년에는 경상우병사가 되었으며, 이후 조정에 무재(武才)가 알려져 병조에 의해 계속 장수가당인(將帥可當人)으로 천거되었다. 1542년 평안병사를 거쳐 한성부우윤을 지냈으며, 1543년 동지부사(冬至副使)로 명나라에 다녀온 뒤 경상좌수사가 되었다. 이듬해 평양군(平陽君)에 봉해졌으며, 명종 즉위 이후 윤원로(尹元老)의 탄핵에 가담하기도 했고, 한성부좌윤·동지중추부사(同知中樞府事)를 역임하였다. 1552년(명종 7) 함경도병사로서 경흥과 잉거도(仍居島) 사이에 진(鎭)을 설치한 것이 문제가 되어 윤원형(尹元衡)의 탄핵으로 강계에 유배되었다. 그러다가 기전(畿甸)에 수군이 설립되자 1556년 경기수군절도사로 복직되었고...