강화도 해안에 설치된 53돈대(墩臺) 가운데 하나이다. 1637년(인조 15) 병자호란이 끝난 뒤 조선 정부는 강화도 방어책의 하나로 12진보(鎭堡)를 설치하였고, 그 뒤 진보와 진보 사이에도 여러 곳의 돈대를 쌓았다. 돈대는 1679년(숙종 5)에 어영군(御營軍) 3,000인과 함경·황해·강원 등 3도 승군(僧軍) 8,000인을 동원하여 40일 만에 축조하였다.
갑곶돈은 통진(通津)에서 강화로 들어가는 갑곶나루에 설치하였는데, 돈대 주위가 113보(步)였고 성벽 위에 낮게 쌓은 성가퀴인 치첩(雉堞)은 40개였다고 한다. 1866년(고종 3) 병인양요 때 프랑스 함대에 속한 600명의 군사가 이곳으로 상륙하여 강화성을 점령하였지만, 정족산성(鼎足山城) 전투에서 양헌수(梁憲洙)가 이끈 부대에 패하여 물러났다.
1875년(고종 12)에는 갑곶돈에 갑곶포대가 설치되었다. 이 때 갑곶돈은 망해(望海)·제승(制勝)·염주(念珠) 등 세 포대와 함께 제물진(濟物鎭)의 관할에 속하였다. 1876년에 일본의 전권대신 구로다 기요타카〔黑田淸隆〕가 6척의 함선을 이끌고 와 이곳으로 상륙한 뒤 운요호 사건의 책임을 물어 강압적으로 강화도 연무당(鍊武堂)에서 조선의 접견대관 신헌(申櫶)과 강화도 조약(한일수호조규, 병자수호조약)을 맺었다. 그 뒤 갑곶돈은 허물어져 일부만 남았던 것을 1976년에 복원하여 오늘에 이른다.