1942년 4월 부산광역시 서대신동에서 부산제2공립중학교(釜山第二公立中學校)로 설립되었다. 개교 당시에는 5년제의 한국인과 일본인 공학이었으며, 구 부산소학교(釜山小學校) 건물에서 학급을 모집하였다.
광복과 더불어 부산중학교와 일본인 학교였던 부산제1상업학교의 한국인 학생을 통합·수용하여 학생 약 500명으로 재개교하였으며, 안용백(安龍伯)이 초대교장으로 취임하였다. 1946년 3월 경남공립중학교(慶南公立中學校)로, 1950년 6월 6년제 경남중학교로 재개칭하였다.
1951년에 부산서중학교(釜山西中學校)와 부산제1고등학교(釜山第一高等學校)로 개편되었으며, 1953년 8월 경남고등학교로 교명이 변경되었다. 1956년 11월 원형교사(덕형관)을 준공하였으며, 1973년 10월 운동장 확장공사를 완공하였다. 1986년에는 체육관 및 국산 기념관을 개관하였다. 2003년 8월에는 제33회 봉황대기 전국고교야구대회에서 우승하였으며 2008년 8월에는 독일 마틴부버고등학교와 자매결연을 맺었다.
2008년 3월 현재 30학급 1,043명의 학생 재학중이며, 교직원은 86명이며, 졸업생은 62회 총 2만 9,863명을 배출하였다. ‘건전한 품성과 실력을 갖춘 자랑스러운 경고인, 건강하고 자주적이며 창의적인 민주시민 육성’이라는 교육목표 아래 교육과정 혁신으로 학교 교육과정 선진화, 교내자율장학 활성화를 통한 교실수업 개선, 수준별 수업과 방과후 학교 활성화를 통한 사교육비 경감과 학력신장, 학생인권 존중, 자율과 책임을 강조하는 생활지도 풍토 정착, 교직원 인화를 바탕으로 한 건강한 학교 공동체 구축에 힘쓰고 있다. 특색사업으로는 교육과정 선진화를 통한 무학년제 운영, 기본 생활 습관 형성을 위한 그린 마일리지제를 운영하고 있다.