1935년 4월 고성공립농업보습학교(固城公立農業補習學校)로 설립되어 수업연한은 2년이며 2학급을 편성하였다. 1941년 10월 고성공립농업전수학교로 교명이 변경되었으며, 1945년 3월 고성공립농업학교로 개편, 인가되었다. 광복 후 1946년 9월 6년제 고성공립농업중학교로 변경되고 12학급을 설치하였다.
1948년 9월 부설 여자반이 설치되었다가 1949년에 설립된 고성여자중학교로 분리시켰으며, 1951년 8월 중고등학교 개편에 따라 고성농업고등학교로 개칭되었다. 1990년 9월 전자과 2학급이 신설되어, 1991년 3월 고성농공고등학교로 교명이 변경되었으며, 1996년 7월 항공과 2학급이 신설되어, 1997년 3월 경남항공고등학교로 교명을 변경하였으며, 동년 7월 특수목적고로 지정되었다.
2008년 3월에는 정부부처(특허청)에 의한 특성화고로 지정되었다.
2008년 3월 현재 항공기계과 6학급, 항공특수 설비과 4학급, 항공전자발명과 4학급, 항공전자통신과 2학급 총 18학급에 472명이 재학 중이며, 교원 55명이다. 졸업생은 총 69회 7,903명을 배출하였다.
‘성실하고 창의적인 항공산업 기술인 육성’이라는 목표 아래 발명시범학교 운영과 전문계고 취업 기능 확충사업운영, 발명․특허 교육 특성화 프로그램 운영, 기숙사와 연계한 기본생활지도 프로그램 운영에 교육력을 집중하고 있다.