1907년 9월 7일 군수 조동선(趙東善)에 의해 김포공립보통학교로 설립되었다. 본래 김포공립보통학교의 전신은 1898년 김포향교의 명륜당에서 설립된 김포소학교였으나, 1906년 공포된 「보통학교령」에 따라 보통학교로 개편하여 구(舊) 군청사 부속건물인 금릉관(객사)과 길청(吉廳)에서 4학급 남학생 80명으로 새롭게 개교하게 된 것이다. 수업연한은 4년이며, 1911년 3월에 제1회 졸업생 14명을 배출하였다.
1916년에 여학생을 처음으로 입학시켰으며, 1920년 4월 수업연한이 6년으로 연장되었다. 당시의 교과목은 수신 (修身: 도덕)ㆍ국어ㆍ한문ㆍ일본어ㆍ산술ㆍ이과(理科: 자연)ㆍ도화(圖畵: 미술)ㆍ체조ㆍ창가ㆍ농학 등이었고, 1938년에 김포공립심상소학교, 1941년에 김포동공립국민학교로 개칭되었다.
광복과 함께 김포공립국민학교로 교명을 변경하였고, 1949년 8월 고창국민학교가 분리, 독립하였다. 1974년 특수학급 1학급을 설치하였고, 1981년 병설유치원 1학급(40명)을 설치하였으며, 1996년 3월 김포초등학교로 교명을 변경하였다. 2004년 3월 김포병설유치원을 김포유치원으로 분리하였고, 2007년 개교 백주년 기념행사를 가졌다. 2009년 6월 영어체험교실 2실을 조성하였다.
‘도덕적, 자주적, 창의적 인간’ 육성을 교육목표로 해서 다양한 독서활동 및 특기적성 교육에 힘쓰고 있다.학생 스스로가 평소 건강을 돌볼 수 있도록 줄넘기 운동의 생활화를 권장하고 있고, 그밖에 학교체육 활성화를 위해서 1인 1운동, 체력급수 1급 올리기, 맞춤체력 인증제(줄넘기 인증제) 등을 시행하고 있다.
도 지정 과학 시범학교를 운영하였고, 김포군 학도애향대종합체육대회 종합우수상, 경기도학도체육대회 여자핸드볼 우수상, 과학시범학교 운영 경기도교육감 표창 등을 수상하였다. 1997년에는 리듬체조부가 전국대회에서 여자 단체전 1위를 차지하였고, 2007년 학교교육 평가에서 최우수학교에 선정되어 교육감 표창을 수상하였다. 매년 5월 어린이날을 기념해서 운동회를 열고 있다.
2010년 현재 특수학급 2학급을 포함하여 28학급에 총 860여 명의 학생이 재학하고 있다. 교직원은 62명이 재직하고 있고, 98회 졸업식을 거치면서 총 1만 9,400여 명의 졸업생을 배출하였다.