1945년 12월에 이윤성(李潤成)이 남성중학교로 설립하였다. 이윤성은 남편 백인기(白寅基)의 유지에 따라 학교 설립의 뜻을 세우고, 본인 및 손자 백윤승(白鈗勝) 소유의 토지를 기본재산으로 재단법인 화성학원(華星學園)을 설립하였다.
신입생 129명을 선발하여 창인동의 옛 호남국토건설국 건물을 빌려 개교하였다. 초대교장에는 윤제술(尹濟述)이 취임하였으며, 교명 남성(南星)은 남쪽 하늘에 찬란히 빛나는 별과 같은 훌륭한 인재를 뜻하고 있다.
1947년 12월 남중동의 신축교사로 이전하였으며, 1951년 7월에 6년제 제1회졸업생을 배출하고 같은 해 8월 신 「교육법」에 따라 중학교와 고등학교로 개편되었다. 1956년 1월에는 여자부를 병설하였다가 1958년에 이리남성여자고등학교와 이리남성여자중학교로 분리되었다.
1980년 2월에 현재의 교사로 이전하였으며, 1990년 1월 학교법인 남성학원으로 개명 하였다. 1993년 5월 기숙사 일성당을 준공하였고, 1998년 10월 과학관을 준공하였다. 2003년 6월 도서관을 준공하였고, 2003년 12월 복지관을 준공하였다. 2006년4월 남성역사관 및 남성예술관을 개관하였다.
교훈은 ‘성실ㆍ신의ㆍ조화’로 되어 있으며, 매년 12월에는 남성음악회와 미술전람회를 개최하고 있다. 배구부는 30여년간 전국 상위권을 차지하고 있으며, 2010년 2월 현재 60회 졸업으로 총 2만 6,311명의 졸업생을 배출하였다.