1941년 5월에 김길창(金吉昌)이 부산광역시 서대신동에서 흥아고등여학원으로 설립하였다. 김길창은 부산지방의 여성교육이 낙후된 것에 특별한 관심을 가지고, 기독교적 신앙을 바탕으로 슬기로운 한국여성을 육성하고자 학교를 설립하여 초대교장에 취임하였다.
1943년 4월 흥아여자상업실무학교로 개편되었다가, 1945년 10월에 삼도고등실무학교(三島高等實務學校)의 교사를 인수하여 현재의 위치로 이전하고 교명을 남조선고등여학교로 개칭하였다.
이듬해 9월 6년제 남조선여자중학교로 개편되었다가 1951년 7월 남성여자중학교로 교명을 변경하였고, 1951년 9월 학제개편으로 중·고가 분리되어 오늘날에 이르고 있다.
교훈은 ‘조용한 강물처럼·부지런한 꿀벌처럼·정다운 비둘기처럼’으로 되어 있다. 1945년에 창설된 배구부는 각종대회에서 수차례 우승하였을 뿐만 아니라, 2009년 제43회 대통령배에서 우승하고 동해 무릉배 우승으로 2관왕을 차지하였다. 1960년에 창설된 육상부도 좋은 성적을 거두고 있다. UNESCO ASPnet에 가입한후 1966년에는 교육부 연구학교로 활동하였고, 현재는 몽골 제 45학교와 교류 활동으로 구제 이해 교육을 실천하고 있다. 개교 이후 매년 크리스마스와 함께 개최되고 있는 종합학예제는 오늘날까지 학교의 제일 큰 행사로 이어져 오고 있다.
2008년 현재 36학급에 재학생 1,266명, 교원 86명이며, 졸업생은 50회에 걸쳐 총 3만 1,374명을 배출하였다.