가톨릭 정신에 입각하여 진리를 사랑하고 인간을 존중할 줄 아는 건전한 젊은 인재들을 양성하는 것을 목적으로 설립되었다.
1986년 4월에 대전 신학교 건립 10개년 계획이 수립되었으며, 1989년 1월에 대전 신학교 건립 추진위원회가 발족되었다. 1989년 10월에 대전 신학교 교황청 인가를 얻었으며, 초대 학장에 김영교(金永喬) 신부가 임명되었다.
1992년 12월에 대전가톨릭대학 설립인가가 나 1993년 3월에 신입생 23명으로 개교하였다. 1996년 11월에 일반대학원이 신설되었으며, 2000년 3월에 교리신학원이 개원되었다. 2003년 3월 개교 10주년 행사가 있었으며, 2007년 3월 평생교육원이 개원되었다.
2010년 현재 신학과 1개과가 설치되어 있으며, 교수신부 15명을 비롯하여 전임교원 45명이 재직 중이다.
부속기관으로는 ‘비배섬관, 도서관, 평생교육원, 영성관, 정하상교육회관 등’이 있으며, 부설 연구소로는 ‘복음과 문화연구소, 전례음악연구소 등’이 설치되어 있다. 교육이념은 ‘비움, 배움, 섬김’으로서 ‘성숙한 인간, 성숙한 그리스도인, 시대의 요청에 부응하는 사제’를 길러내는 것을 교육목적으로 하고 있다.
또한 학생자치회를 설립하여 예수 그리스도의 모범을 따라 신학원 생활의 자치활동 ․ 학문 ․ 예술 ․ 체육 및 취미활동 등의 다양한 활동을 하고 있다. 또한 ‘공동체와 나눔’이라는 대학축제가 개최되며, 디딤돌·펠릭스·성서연구반·연극반·배동회 등의 동아리 활동을 중심으로 학생활동이 활발하다.