교회의 분열과 현대 신학으로 인한 교리의 혼돈 등을 바로잡는 길은 성서로 돌아가는 것 밖에 없다는 환원운동의 일환으로 1964년 전국 그리스도의 교회 지도자들이 모여 신학교 설립을 결의함에 따라 설립되었다.
1965년 3월 서울특별시 용산구 원효로에서 대한기독교신학교로 설립되었다. 초대 교장에 최윤권(崔潤權)이 취임하였으며, 신학과 1개학과에 입학생은 30명이었다. 1969년서울특별시 용산구 효창동으로 교사를 이전하고, 1971년 학교법인 환원학원(還元學園)이 설립되어 학교 운영을 담당하게 되었다.
1972년 문교부로부터 4년제 각종학교로 인가를 받았으며, 1973년 미국의 신학대학들이 해외 선교대학을 대한기독교신학교에 설치하고, 3차에 걸쳐 50여 명의 유학생을 보내기로 결정하였다.
그 뒤 기독교교육과·사회사업학과·종교음악과 등을 신설하고, 1980년서울특별시 은평구 신사동(당시 역촌동)에 있던 서울성서신학교를 합병하였다. 1985년 4년제 대학 학력인정학교로 인가되었고, 1997년 대한기독교대학교, 1999년 서울기독대학교로 교명을 변경하였다. 2000년 대학원을 개원하고, 무용학과를 신설하였으며, 2001년 전자상거래학과를 신설하고, 신학전문대학원·사회복지대학원을 개원하였다.
2009년 현재 4개 대학원, 5개 학과에 학부생은 573명, 전임교원은 30명이다. 부속기관으로 평생교육원·국제어학원 등이 있고, 부설연구기관에 그리스도의교회신학연구소·사회복지연구소·음악연구소·국제경영연구소 등이 있다.
교훈은 ‘성서로 돌아가자’이고, 교회 교역자와 사회에 봉사할 수 있는 인재 양성을 교육목적으로 하고 있다. 10여 개 동아리가 활동하고 있고, 매년 5월에 환원제를 개최하고 있다.