1986년 12월에 이장우(李章雨)가 운영하는 학교법인 동강학원(東岡學園)에서 설립하여 이듬해 3월에 개교하였다. 이장우는 고도의 산업사회에 대처하기 위한 과학진흥을 목적으로 공과대학을 설립하였으며, 초대학장에 오항기(吳恒基)가 취임하였다.
전자공학과, 전자계산학과, 건축공학과, 토목공학과, 산업공학과 등 5개 학과에 312명을 모집하였으며, 1988년에 환경공학과, 도시계획학과, 무기재료공학과, 수학과, 통계학과, 물리학과, 환경조경학과를 증설하였다.
1992년 종합대학교로 승격하여 동신대학교로 교명을 변경하였으며 1993년 8월에 한방병원 설치를 승인받았다.
1998년 4월 사회과학관을 착공하였고, 11월 재활학과 폐지하고 물리치료학과를 신설하였으며, 대학원 박사과정 정보통신공학과, 토목공학과 신설하였다. 1999년 3월 사회과학관을 준공하였으며, 1999년 7월 정보통신부 멀티미디어 컨텐츠분야 최우수대학으로 선정되었다. 1999년 11월 교육대학원이 인가되었다. 1999년 12월 산업자원부 지역기술혁신센터로 지정되었으며, 동물복제연구소를 개소하였다.
2000년 3월 디지털 영상매체 기술혁신센터(TIC)를 개소하였으며, 2000년 12월 산업자원부생물산업산학연 협동연구 및 실용화 개발구축 사업기관으로 선정되었고, 인터넷방송국을 개국하였다.
2001년 9월 광주한방병원을 증축 개원하였고, 2001년 11월 김대중 대통령이 산학기술협력원을 방문하였다.
2002년 4월 생물자원산업화지원센터를 개소하였고, 2002년 5월 부속 목포한방 병원기공식을 하였으며, 2002년 11월 첨단강의동 신축 기공식을 하였다. 2003년 1월 노무현 대통령 당선자가 생물자원산업화지원센터를 방문하였고, 2003년 6월 중소기업청 중소기업협력단 시버기관으로 지정되었다. 2003년 6월 과학기술부 신규지역협력연구센터 선정되었고, 2003년 7월 교육부 지방대학육성사업 재정지원대상 대학으로 선정되었다. 2003년 10월 유아교육학과를 신설하였고, 2003년 12월 여성부 맞춤형 취업지원프로그램지원 사업이 선정되었다.
2004년 2월 정보통신부 IT학과 교과과정개편지원사업이 선정되었고, 2004년 7월 정보통신부 · 한국통신사업자연합회 지원 IT협동연구센터로 선정되었었으며, 2004년 8월 산업자원부 지역혁신특성화시범사업 주관대학으로 선정되었다. 2004년 8월 2005학년도 일반대학원 디지털콘텐츠학과를 설치하였고, 2004년 8월 교육협력병원 서울동신한방병원을 개원하였다. 2004년 12월 디지털콘텐츠협동연구센터를 개소하였다.
2005년 7월 교육인적자원부 누리사업 대형과제가 선정되었다.
2006년 3월 수소에너지학과 · 실용음악학과를 신설하였고, 2006년 5월 교육인적자원부 누리사업 중형과제가 선정되었다. 2006년 11월 한국전력공사 전력산업기초인력양성사업이 선정되었으며, 한국교육개발원과 학술연구교류협정를 체결하였다.
2007년 9월 동신가족건강증진센터를 개소하였으며, 2007년 11월 2008학년도 대학원 박사과정 상담심리학과 신설 하였다.
2008년 1월 교육인적자원부 누리사업 소형과제가 선정되었고, 2008년 6월 체육관 기공식이 있었다.
2009년 6월 지식경제부 2009년도 지역연고산업육성사업, 체육인재육성재단 지원 지역강세종목인재양성사업이 선정되었고, 문화체육관광부 2009년도 문화기술(CT)연구소 육성사업 가상현실/가상세계분야 지원대상으로 선정되었으며, 보건복지가족부 2009년도 지역사회서비스청년사업단지원사업이 선정되었다. 2009년 9월 문화재연구동을 개관하였다. 2009년 12월 농림수산식품부 식품산업전문인력양성사업 최우수기관으로 선정되었다. 2012년, 2017년 대학기관평가 인증을 받고, 2018년 교육부의 대학혁신지원사업에서 1유형 자율역량강화대학으로 선정된데 이어 2020년에는 대학혁신지원사업 1차년도 연차평가에서 1유형 최우수 A등급을 획득했다. 2019년에는 “지역과 함께 세계로 전진하는 교육 중심대학” 으로 도약하겠다는 내용의 동신 VISION 2030을 선포하고, 학문 분야 특성화를 에너지신산업, 천연물 바이오, 사회서비스 등 3개 분야로 집약해 집중 육성하고 있다. 2020년 총장 직속의 ‘교육혁신원’을 설립하고, New Challenge 선언을 통해 4차 산업혁명 시대와 포스트 코로나 시대를 대비한 선제적인 대응에 나섰다.
교시는 ‘근면 · 검소 · 창의’이다.2020년 4월 현재 공과대학, 에너지융합대학, 한의과대학, 보건복지대학, 사회문화대학, 기초교양대학 등 6개 단과대학, 47개 학과, 3개 대학원이 개설되어 있다. 전남 나주시 동신대길 금성산 아래 19만 여평의 캠퍼스와 빛가람혁신도시 내 에너지클러스터, 나주시 노안면 소재 바이오센터에서 교육과 연구가 이루어진다. 본부 조직은 5처(교무처, 기획협력처, 입학처, 학생취업지원처, 사무처), 1원(교육혁신원)이 있으며 부속기관으로 중앙도서관, 정보전산센터, 국제교육원, 평생교육원, 문화박물관, 교육미디어센터, 건강증진센터, 학생생활관, 체육관, 공학교육혁신센터를 두고 있다. 광주한방병원, 목포한방병원, 나주한방병원 등 3곳의 부속한방병원과 서울 목동에 동신한방병원을 협력병원으로 두고 있다. 부설연구소로는 기초과학연구소, 공업기술연구소, 도시‧지역발전연구소, 동북아연구소, 여성문화연구소, 인문사회과학연구소, 군사학연구소, 한의융합과학연구소, 고에너지물리연구소, 에너지융합기술연구소 등이 있다. 12개 국가(미국‧캐나다‧호주‧중국‧대만‧일본‧인도네시아‧베트남‧필리핀‧말레이시아‧키르기즈스탄‧우즈베키스탄) 102개 대학 및 교육 기관과 자매결연 협정을 맺고 있으며 이를 바탕으로 학기 중은 물론 여름방학과 겨울방학 때 재학생들을 위한 어학연수, 전공연수, 학술연수, 교환학생, 해외봉사 등 다양한 해외연수 프로그램을 운영하고 있다.