1942년 4월 목포시 대성동에서 이 지방 최초의 공립 인문계 남자중학교인 목포중학교로 개교하였다. 수업연한 5년에 각 학년 2학급씩 10학급을 설치하였으며, 개교 당시 한국인과 일본인이 절반씩 입학하였다.
1946년 2월 한국인으로는 최초로 조정두(趙正斗)가 초대 교장에 취임하였으며, 같은 해 8월 1년 단축하여 제1회 졸업생 58명이 배출되었다. 학제 변경에 따라 6년제 목포중학교로 개편되었다가 1950년 5월 「교육법」에 따라 3년제 목포중학교와 목포고등학교로 다시 분리, 개편되어 학년당 4학급씩 12학급을 설치하였다.
1952년 3월 고등학교 개편 후 제1회 졸업생 208명을 배출하였으며, 1963년 7월 현재의 위치로 이전하였다. 목포중학교는 1973년 중학교 평준화시책에 따라 제27회 졸업을 마지막으로 총 9,974명의 졸업생을 배출한 뒤 폐교되었다.
1997년 2월 우정학사와 잠룡유도관을 준공하였으며, 2004년 5월 다목적실을 준공하였다.
2010년 현재 23학급에 재학생 747명, 교원 78명이다.
2010년 현재 59회 졸업에 총 2만 6,691명의 졸업생을 배출하였다.
개교 당시의 교훈은 ‘진(眞)·선(善)·미(美)’였다가 1952년부터 ‘학행일치(學行一致)’로 정하여 실천해 오고 있다.
학교 동문의 행사로 매년 봄에 ‘목포중·고의 날(2일간)’을 정하여 목포중·고의 밤과 동문 친선체육대회를 개최, 동문 상호 간의 친목을 이어 나가고 있다.
교지로 발간되고 있는 『잠룡(潛龍)』은 1996년 46호가 간행된 바 있다.
또한 1949년에 창설한 유도부는 그 동안 국내외에 많은 유도인을 배출하였고, 현재 학교의 정규 교과에 편성하여 전 학생에게 유도교육을 실시, 학교체육으로 발전시킴으로써 체력 및 덕성 함양에 주력하고 있다.
1988년 5월에 창단된 배구부는 역사는 짧으나 전국대회에 입상하는 등 많은 활약을 하고 있다.