고려 때에는 대진(大津)이라고 불리었다. 진도군에 속하는 여러 섬들 중에서 본도인 진도(珍島)의 동부 해안가에 위치하여 진도로 들어가기 위한 관문의 역할을 하였다. 진도는 국방상 중요지역의 하나였는데, 특히 일본과 중국을 경계하는 데 중요한 지역이었다.
임진왜란과 정유재란 당시에는 이순신(李舜臣)과 관련이 깊은 수군영(水軍營)이 배치되어 있었던 곳이며, 순천에서 시작된 봉수(烽燧)가 지나는 길목이기도 하였다. 벽파진은 수진장(守津將)이 한 사람 배치되어 관할하고 있었으며, 해남현(海南縣)의 삼기원(三歧院)으로 통하는 대로의 길목에 위치하였던 교통의 요지였다.
현재도 교통의 요지로서의 기능은 지속되어 목포∼완도간, 목포∼제주간을 연결하는 여객선의 기착지로서 진도와 목포ㆍ제주ㆍ완도 등지를 연결시켜주고 있다. 이순신의 전첩비가 위치하고 있어 국방상 중요 지역이었고 일본과의 7년 전쟁 동안 격전지였음을 나타내고 있다.
벽파진은 백제 때에 인진도군(因珍島郡)에 속하였는데, 신라 경덕왕 때진도군으로 이름이 바뀌어 무안군(務安郡)에 속하였다. 고려시대에는 나주(羅州)의 관할하에 있었으나, 조선시대에 들어와 해진군(海珍郡)에 속하였다. 그 뒤 해진군에서 분리되어 전라남도 진도군 고이면(古二面)에 속하였다. 1914년 행정구역개편 때 고이면에서 고군면에 속하게 되어 현재에 이르고 있다.