1945년 11월토성동에서 6년제 부산공립고등여학교로 개교하여 초대교장에 김처순(金處珣)이 취임하였다.
1906년 4월 일본인 부산거류민단이 대청동에 부산공립고등여자학교로 설립하였다가, 1910년 4월토성동으로 이전하여 부산공립고등여학교라 개칭하였던 것을, 광복 후 한국인학교로 재개교한 것이다.
신입생 37명으로 출발하여 1946년 4월서대신동으로 이전하고 같은 해 9월에 교명을 부산공립여자중학교로 변경하였으며, 1948년 6월 제1회졸업생 9명을 배출하였다. 1949년 12월 부산여자중학교로 개편되었다가, 1951년 8월 학제 변경에 따라 부산여자중학교와 부산여자고등학교로 분리, 개편되었다가, 1975년 5월에 현재의 위치로 교사를 이전하였다.
1980년 3월 부설 방송통신고등학교를 개교하였다. 1998년 역사관을 개관하였다. 2001년에는 제1회 학생자치가 아름다운 학교로 선정되었다.
2008년 3월 현재 34학급에 재학생 1,384명이며, 졸업생은 50회에 걸쳐 총 3만 2,828명을 배출하였다.
‘참되고 슬기롭고 아름답게’라는 교육목표 아래 전인적 발달을 지향하여 조화로운 품성을 지닌 자율, 협동, 근검, 봉사하는 새 한국인 여성상을 정립하기 위해 교육력을 모으고 있다. 겨울 속에서 선홍으로 타는 동백꽃을 교화로, ‘자활하는 사람이 되자, 협동하는 사람이 되자, 근검한 사람이 되자’를 교훈으로 삼고 있다.