1910년 6월 24일 마포공립보통학교로 설립인가를 받아 1911년 6월 12일 개교하였다. 개교 당시에는 수업연한 4년에 남학생만을 모집하였으나, 1923년 4월 6년제로 개편되면서 여학생을 모집하기 시작하였다. 1931년 8학급, 1933년 9학급, 1934년 10학급으로 매년 학급 수가 증가되었으며, 1938년 마포공립심상소학교로 개칭되었다.
1939년 12월 지금의 본관인 철근콘크리트 건물 3층을 짓고 18학급으로 편성하였고, 1941년 마포공립국민학교로 개칭되었다. 1945년 29학급으로 증설하였고, 그 뒤 서울마포국민학교로 교명을 변경하였다.
인구의 도시 집중화에 따라 1962년 60학급, 1965년 79학급으로 학급을 증설하였으나, 6학급을 서울공덕국민학교에 배속하였고, 1984년부터 도시 재개발사업으로 학생 수가 감소하기 시작하였다. 1996년 서울마포초등학교로 교명을 변경하였다. 2009년 영어전용교실, 2010년 돌봄교실을 설치하였다.
2009년 현재 특수학급 2학급을 포함하여 47학급에 총 1,331명의 학생이 재학하고 있고, 교직원은 79명이 재직하고 있다.
교훈은 ‘슬기롭고 바르고 씩씩하게’이다. 실력과 인성을 갖춘 창의적인 어린이 육성을 교육목표로 해서 기본 생활습관 정착, 기초학력 신장, 기초체력 육성 등에 역점을 두고 교육활동을 전개하고 있다.
1975년 생활지도 우수학교, 1984년 국민정신교육 우수학교, 2000년 수련활동 우수학교에 선정되었으며, 1995년 실과교육 연구학교, 2003년 도서관활용 시범학교, 2009년 방과후학교 영어거점 선도학교에 지정되었다.