1907년에 동양선교회의 전도사업이 시작되면서 전도사 양성을 위한 교육기관이 필요하게 되어 1911년 3월 13일 서울 중구 무교동에 있던 동양선교회 복음전도관에서 성서학원(聖書學園)으로 개교하였다. 초대 원장에 동양선교회 한국 감독이었던 토머스(J. Thomas)가 취임하였다.
1912년 3월서울 서대문구 충정로로 교사를 신축하여 이전하였으며, 학생들의 증가로 학년 및 남녀반의 분리가 요청됨에 따라 1921년 5층 벽돌 교사를 신축하였다.
또한, 초기의 한국성결교회가 전도관 형태에서 교회 형태로 바뀌게 됨에 따라 성서학원도 목회자 양성기관으로 변모하게 되었다. 1935년 한국인으로는 최초로 이명직(李明稙) 목사가 원장에 취임하였다.
1940년 5월「전문학교령」에 의하여 전문학교로 인가되어 4년제 경성신학교(京城神學校)로 개편되었다. 그러나 일제 말 기독교 탄압이 가중되어 신사참배 거부와 재림교리 주장을 이유로 1943년 12월 교단이 강제 해산되면서 폐교되었다.
그 뒤 광복과 함께 서울신학교로 재개교하였고, 1959년 2월서울신학대학으로 승격되어 이듬해 5월 초대 학장에 이명직이 취임하였다. 1971년 대학원을 설치하고, 1972년 현재의 위치에 교사를 신축하여 이전하였으며, 1977년 종교음악과, 1978년 기독교교육과를 신설하였다.
1980년 신학대학원, 1981년 사회사업학과를 설치하고, 1992년 4월서울신학대학교로 교명을 변경하였다. 1995년에 목회대학원·사회복지대학원, 1996년 보육학과(야간)·선교대학원, 2001년목회선교전문대학원, 2002년 유아교육과, 2005년 중국어과를 신설하였다.
2009년 현재 5개 대학원, 8개 학과에 학부생은 2,364명, 전임교원은 79명이다.
부속기관으로 생활관·사회봉사센터 등이 있고, 부설연구기관에 교육복지연구소·기독교신학연구소·성결교회역사연구소·기독교교육연구소 등이 있다.
교훈은 ‘진리·성결’이고, 전통과 교리에 입각하여 기독교 교역자 및 지도자 양성을 교육목적으로 하고 있다. 성서 해석에 있어서 웨슬레(John Wesley)의 정신을 따르며 학생의 깊은 신앙생활을 강조하는 교육방침을 견지하고 있다. 국제교류로 해외 21개 대학과 교류협정을 맺고 어학연수, 학술교류 등을 시행하고 있다. 23개 동아리가 활동하고 있고, 1976년에 창간된 『서울신학대학보』를 월간으로 발행하고 있다.