3권 2책(乾, 坤). 김려 집안의 본관이 서흥(瑞興)이므로 ‘서원연고’라고 이름을 붙였다.
이 책은 1738년(영조 14) 김려가 처음으로 엮었으며, 1914년 김려의 7대 방손인 김기우(金基禹)가 그 내용을 증보하여 지금의 모습으로 간행하였다. 서문은 이병수(李炳壽)가 썼고, 발문은 김기우가 썼다.
권1에는 김려의 10대조 김중곤(金中坤)을 비롯하여 7대조 김굉필(金宏弼), 증조 김우건(金宇建), 종조 김유도(金有道), 조부 김치도(金致道), 부친 김성오(金聲五), 중형 김오(金磝)의 시가 실려 있다.
권2는 시편(詩篇)과 잡저(雜著) 및 부록으로 구분되어 있으며, 그 내용은 김려의 각종 시문이 주를 이룬다. 권2에 수록된 김려의 시문은 한시 148편 170수, 서(序) 5편, 통장(通章) 3편, 발(跋) 및 후지(後識) 3편, 가장(家狀) 1편, 시조 3수이다.
그리고 권3은 김려의 소록(疏錄)과 관련된 일기를 싣고 있는데, 송시열(宋時烈)과 송준길(宋浚吉)을 문묘에 배향할 것을 청하는 「우암동춘양선생청종향소(尤庵同春兩先生請從享疏)」와 두 사람에 대한 「종향통문(從享通文)」 및 「소청일기(疏請日記)」가 그것이다.
이러한 편제와 함께 권의 첫머리에 실려 있는 김려가 쓴 「서원연고기」의 내용으로 미루어 권3은 원래 김려가 이 책을 처음 엮었을 때는 들어 있지 않았으나, 훗날 김기우가 증보하여 다시 펴내면서 덧붙인 것이 아닌가 추정된다.
그런데 이 『서원연고』가 세상 사람들의 관심을 끌게 된 것은 권2의 부록에 김려가 쓴 3수의 시조 작품을 수록하고 있기 때문이다.
‘번곡(翻曲)’이라는 항목 아래 실려 있는 3수의 시조는 「용산가(龍山歌)」·「귀거래사(歸去來辭)」·「지지가(知止歌)」인데, 모두 작자가 고향인 전남 나주의 백룡산 밑에 용암(龍庵)이라는 집을 짓고 살면서 지은 작품이다.