원불교의 전신인 불법연구회(佛法硏究會)가 1927년 4월 원불교 초기 인재를 양성하기 위하여 설립한 영산학원(靈山學院)이 그 전신으로 원불교 교역자와 사회 인재의 양성에 힘썼다.
1964년 종래 영산학원이라는 교명을 영산선원(靈山禪院)으로 바꾸고 2년제의 중등반과 고등반을 개설하였으며, 1966년 21명의 졸업생을 처음으로 배출하였다. 1967년 중등반을 폐지하고 고등반만을 운영하여 2년제 선원으로 정착시켰다.
1974년 부설 영산고등공민학교(靈山高等公民學校)를 개교하여 고등학교에 진학하지 못하는 농촌학생을 위해 면학의 터전을 마련해주었다.
1985년 원불교 교정원으로부터 선원 2년제에서 4년제 대학으로 승인 받았으며, 1989년부터 본관의 증축과 도서관 등 기초교육시설을 확충하여 1992년 4년제 대학에 준하는 각종학교로 정식개교하였다.
1997년 3월 영산원불교대학교로 개편되었다.
1998년 4월 교내 네트워크환경 구축 및 인터넷을 개통하였고, 2001년 12월 도서관 관리 프로그램을 신설하였으며, 2003년 2월 영산원불교대학교 부설 평생교육원을 개원하였다. 2004년 10월 ‘영산선학대학교’로 교명을 변경하였다. 2008년 9월 원불교 창립관을 개관하였다.
교훈은 ‘만수(萬修)·만연(萬硏)·만덕(萬德)’으로 되어있다. 10여 개의 동아리를 중심으로 학생활동이 이루어지고 있으며, 8월에 ‘법인축제’를 개최하고 있다.
부속기관으로는 도서관·기숙사·대학신문사·학원방송국·대학교당·출판국 등이 있으며 부설연구소로는 소태산사상연구원·영산선·요가수련원·여성문제연구소 등이 있다.