1962년 국보로 지정되었다. 부록으로 서간첩 1책, 임진장초 1책, 합9책.
『난중일기초』는 총 7책으로, 임진왜란이 일어난 다음달, 즉 1592년(선조 25) 5월 1일부터 시작되어 그가 전사한 1598년 10월 7일까지의 군중일기이다.
이것이 후세 『충무공전서』에 전하여진 『난중일기』의 친필초본(親筆草本)이다. 『충무공전서』의 『난중일기』보다 내용이 더 상세하여 그의 일상생활과 동료나 친족과의 왕래, 수군통제에 관한 비책(秘策) 등 중요한 기사가 실려 있다.
그 여백에는 전황을 보고한 장계(狀啓)의 초안, 증답(贈答)의 비망기(備忘記), 또는 시문의 초 등이 있다. 『서간첩』은 간찰(簡札)을 첩장한 것이다.
『임진장초』는 1592년에 이순신이 보고하고 군무에 대하여 지령을 청한 계달(啓達)의 글을 필록(筆錄)시킨 등록(謄錄)이다. 『충무공전서』에 수록한 것보다 내용이 더 상세하여 사료적 가치가 높다.
『난중일기초』는 임진왜란의 역사를 살피는 귀중한 사료임은 물론, 이순신의 친필이라는 점에서도 국가유산의 가치가 높다. 충청남도 아산시 염치읍 백암리 현충사(顯忠祠)에 보관되어 있다.