1938년 7월 14일 민족자활과 국권회복을 목적으로 최승우(崔承宇)를 비롯한 인천의 뜻있는 인사들이 인천 중구 율목동의 인천체육관에서 인천상업강습회로 설립하였고, 교과목은 중국어·영어·체육 등이었다.
1939년 인천상업전수학교로 개편하였으며, 초대 교장에 김영배(金英培)가 취임하고, 수업연한 3년에 6학급으로 편성하여 신입생 120명을 모집하였다. 1941년인천시 동구 송림동 현재의 위치에 교사를 신축하여 이전하였고, 최승우가 재단법인 인천실업학원을 설립하고 초대 이사장에 취임하였다. 1942년 제1회 졸업생 104명을 배출하였으며, 1944년 인천공업전수학교로 개편하였다.
광복과 함께 인문계로 전환하여 1946년 6년제 12학급의 동산중학교로 개편하였고, 1951년 학제개정에 따라 3년제 인천동산고등학교와 인천동산중학교로 개편되었다. 1954년부천의 영종고등공민학교(永宗高等公民學校)가 분교로 설치되었다가, 이듬해에 공립학교로 전환하면서 독립하였다.
교훈은 ‘신의’이고, 지식정보화 시대를 주도할 진취적이고 창의적인 인간 육성을 교육목표로 하고 있다. 이를 위해서 학생 자치활동의 활성화, 교수·학습과정의 개별화, 체육·예능교육의 내실화, 학교의 정보화 등에 역점을 두고 교육활동을 전개하고 있다.
과학반·미술반·사진반·연극반·영어회화반 등의 동아리가 활동하고 있고, 운동부는 1945년에 창단된 야구부가 청룡기 야구대회 우승을 시작으로 고교야구 최초의 3연패를 기록하는 등 현재까지 정상권을 유지하고 있다. 1988년 개교 50주년을 기념하여 『동산 50년사』를 발간한 데 이어 2008년『동산 70년사』를 편찬하였다.
2009년 현재 31학급에 총 873명의 학생이 재학하고 있다. 교직원은 69명이 재직하고 있고, 58회 졸업식을 거치면서 총 1만 8,459명의 졸업생을 배출하였다.