본래 대청부곡(大靑部曲)은 옛 청부현(靑鳧縣 : 지금의 靑松郡)의 임내였고, 소청부곡(小靑部曲)은 영양현(英陽縣)의 임내였던 것을, 1304년(충렬왕 30)에 두 부곡을 합하여 청기현으로 승격시켰다.
1675년(숙종 1)에 영양의 임내로 되었다. 1914년 행정구역개편 때 옛 이름을 취하여 영양군 청기면이 되었다. 지명의 유래는 고려 초에 영해신씨(寧海辛氏)의 한 선비가 이곳에 처음 정착하였을 때 주위에 푸른 구기자〔靑杞〕가 많았다고 하여 붙여진 것이다.
조선시대에는 이곳이 낙동강의 지류인 청기천변에 자리잡고 있어 서쪽으로 장갈령(長葛嶺)을 넘어 예안(禮安)과, 동쪽으로는 영양(英陽)과 연결되는 교통의 요지였다. 당시에는 이곳에 청기창(靑杞倉)이 있었다.