현대 사회가 발달함에 따라 육지에서 흘러드는 오염된 하천수와 연해공업단지에서 나오는 공장폐수, 공업 폐기물 등으로 날로 해양의 오염은 증가되고 있다. 해양의 오염은 세계적인 중요 문제로 대두되고 있으며, 우리나라에서도 열오염과 수질오염이 나타나고 있다.
열오염은 화력·원자력발전소, 공장 등지에서 냉각수로 사용한 열수에 의하여 일어난다. 해수보다 8∼15℃ 가량 높은 고온의 폐수가 다량 유출되는 열오염은 비교적 먼 바다까지 영향을 미친다. 한편 수질오염은 공장의 폐수 방출 및 생활 하수 등의 유입 등으로 오염되는 경우이다. 남해안은 수심이 비교적 얕으며, 해안선의 굴곡이 심하고 많은 섬으로 둘러싸여 있어 어족의 산란과 성장에 매우 적합한 곳이다.
따라서 남해안은 각종 수산자원의 양식장으로써 이상적인 바다이다. 그러나 1970년대에 들어와 창원기계공업단지를 비롯한 수많은 중화학 공업 지대가 들어서면서 공업의 급속한 발전, 주변 도시의 인구 급증으로 도시 하수 및 산업 폐수의 배출이 증가하여 남해안 연안의 오염도가 화학적산소요구량(COD)의 환경 기준치 3ppm을 초과하게 되었다.
남해안은 지리적 조건으로 외양해수(外洋海水)와의 교류가 느린 정체성 해역이기 때문에 약간의 오염원만 있어도 적조현상(赤潮現象)과 같이 전 연안이 급속히 오염되기 쉽다. 실제 남해안은 거의 매년 적조 피해를 겪고 있는 실정이다. 남해안은 일단 오염되면 자연적으로 오염이 완화되는 자정능력(自淨能力)이 약하기 때문에 오염이 지속된다.
그리하여 환경청은 1982년 해수오염이 심각한 진해만(면적 502㎢), 부산연안(129㎢), 울산연안(51㎢), 광양만(252㎢) 등의 4개 해역을 청정수역으로 고시하고 바다의 그린벨트로 선포하였다. 이곳에서는 해역의 매립 및 준설에 의한 간척지 개발, 어패류 양식 등 어업 활동의 제재, 오염 물질의 폐기 처분 등 오염 행위의 금지 또는 통제를 받게 된다. 1996년 해양수산부 설립 이후 해양환경관리가 강화되면서 서식지와 생물종 다양성을 보호하기 위한 보호구역 지정이 확대되고 있다. 담당부처인 해양수산부에서는 생태계보전지역, 습지보호지역, 환경보전해역을 지정하였다. 또한 연도별 해양보호구역의 육역 및 해역의 지정 현황에서도 최근 들어 해양의 지정 면적이 증가하고 있음을 확인할 수 있다. 2008년 이후로 정부조직 개편에 의해 해양보호를 전담하는 부처는 국토해양부로 대치되었다.