임진왜란 때의 명장 이순신(李舜臣)의 시호(諡號)를 따서 지은 이름이다. 1604년(선조 37) 거제 오아포(烏兒浦)에 있던 통제영(統制營)을 두룡포(頭龍浦)로 옮겨오니 지금까지 한낱 포구에 지나지 않았던 이곳이 수군의 본거지가 되었다.
1618년(광해군 10) 그때까지 거제현에 소속되었던 두룡포가 고성현으로 이관되어 춘원면이 되었다. 1870년(고종 7) 고성현이 부(府)로 승격하였으며 이때 읍치가 통제영 안으로 옮겨졌다가 1872년 고성으로 복귀되는 변동이 있었다.
1895년 통제영을 폐지하고 진주부 고성군으로 개편하였으며, 1896년경상남도 고성군이 되었고, 1900년 고성군의 통영반도지역을 분할하여 진남군(鎭南郡)을 신설하였다. 1909년 진남군과 평안남도 진남포의 혼동을 피하여 용남군(龍南郡)으로 개칭하였다.
1914년용남군과 거제군을 합쳐서 통영군으로 개편하고 춘원면을 통영면으로 개칭하였다. 1931년산양면의 북부를 통영면에 편입하여 통영읍으로 승격하였다. 1955년통영읍이 시로 승격하면서 이순신의 시호를 따서 충무시로 개칭하였다.
1964년 이래 충렬사ㆍ세병관(洗兵館) 등 이순신과 통제영 관계 유적을 크게 정비ㆍ보수하였다. 1989년 당시 통영시의 면적은 21.35㎢, 인구는 9만 4,285명, 17개 동이 있었으며, 시청 소재지는 서호동이다. 충무시는 1995년 1월 1일 행정구역개편에 따라 당시 면적은 20.85㎢, 인구는 약 9만 8,000명으로, 통영군과 통합되어 통영시가 되었다. →통영시