1976년 5월 김준민(金遵敏)·이일구(李一球)·최기철(崔基哲) 등이 생태학을 발전시키고 이를 보급시켜 인류의 문화와 국가발전에 이바지하기 위한 목적으로 설립하였다.
설립당시의 학회 조직은 회장 1명, 부회장 2명과 학회지 발간을 위한 편집위원회로 구성되었다. 초창기에는 학회활동이 미진하였으나 최근 고도의 산업사회로 급변하는 상황에 따라 학회 활동도 활발하여 매년 봄·가을 2회에 걸쳐 정기총회, 학술발표회를 개최하고 있다.
그 밖의 학술활동으로 국제공동심포지엄, 학회간 공동심포지엄, 워크샵 등을 개최하고 남북한 공동학술조사도 계획중에 있다.
학회지로는 ≪한국생태학회지≫를 발간하고 있는 데 1977년 9월 10일 발간한 이래 1996년까지는 연 4회 발간하였으며 1997년부터는 국문 3회, 영문 3회 등 총 6회를 발간하고 있으며 1998년 현재 제21권 6호까지 발간하였다.
회원은 정회원·준회원·단체회원으로 구분되며 총 700여 명의 회원이 있다. 학회사무실은 건국대학교 이과대학 생물학과내에 두고 있다.