한국신문윤리위원회는 전국의 일간신문과 통신으로 하여금 신문윤리강령과 그 실천요강을 준수하게 함으로써 언론의 건전한 발전에 이바지하고자 하는 목적에서 설립되었다.
1957년 4월 7일 우리나라 최초의 민간신문인 ≪독립신문≫ 창간 61주년을 맞아 전국 신문사의 주필·편집국장·논설위원들은 한국신문편집인협회를 창설, 언론의 자유와 책임을 강조하는 신문윤리강령(新聞倫理綱領)을 제정하여 언론의 지표로 삼았다. 그리고 1960년 4월 정치적 격변기를 틈타 일부 사이비 언론의 발호에 대처, 언론정화 대책을 마련하던 중 5·16군사정변이 발생하였다. 그리고 각종 통제가 심해지자 언론의 자율규제의 필요성을 절감, 1961년 7월 그 기준이 될 신문윤리실천요강(新聞倫理實踐要綱)을 제정하고, 9월 12일에 이 위원회를 창설하였다.
위원회 임원은 신문인 5인, 비신문인 4인 등 9인으로 구성되고 임기는 1년이었다. 당초에는 일반의 제소사건(提訴事件)만을 심의·결정하였다. 그러나 1964년 언론파동을 계기로 ‘팔이 안으로 굽는’ 폐해를 조금이라도 줄여보겠다는 의지의 표현으로서 위원을 신문인 6인(발행인 2인, 편집인 2인, 기자 2인), 비신문인 6인(변호사 1인, 교수 1인, 국회의원 2인, 기타 2인) 등 12인으로 보강하였고, 심의실을 부설하여 제소 없이도 윤리강령 위반기사를 자율적으로 심의하게 하였다.
윤리위원의 임기는 2년으로 하고 매년 반수씩 교체하며, 위원장은 신문인 및 국회의원이 아닌 위원 중에서 선출하는데, 주로 법조계 인사가 선출되고 있다. 1976년 10월 한국신문협회와 공동으로 신문광고윤리강령(新聞廣告倫理綱領)과 실천요강을 제정하여, 1977년 1월부터 신문광고도 규제하고 있다.
1996년 4월 7일 ≪독립신문≫ 창간 100주년을 맞아 한국신문협회·한국신문방송편집인협회·한국기자협회 공동으로 신문윤리강령 및 신문윤리실천요강을 개정하였다. 1996년 5월 15일에는 한국신문윤리위원회와 위원회의 재정을 담당하던 한국신문윤리위원회 이사회를 통합하여 사단법인으로 발족하였다. 2004년 3월 1일부터는 신문기사와 광고에 대한 독자의 불만을 해결하기 위해 독자불만처리위원 1인을 두도록 하는 ‘독자불만처리’ 제도를 운영해 오고 있다.
2009년 3월말 현재, 회원수는 13명이고, 회원 서약사는 47개사, 비회원 서약사는 47사에 이르고 있고, 출판사업으로는 매년 ≪심의 결정집≫(연간 : 2009년까지 제48호 발간)을 발간하고 있고, 독자불만처리 보고서를 발간하고 있다.
민주정치에 언론이 갖는 특수한 기능이나 권력과의 관계에 있어 언론의 미묘한 위치 등을 감안하면 언론에 대한 자율적인 윤리기구로서 설립된 신문윤리위원회는 가장 이상적이고 정통성있는 언론윤리기구라 할 수 있다. 그러나 윤리위원회와 사법기관의 2원 구조를 취하고 있는 대부분의 나라와 달리, 세계에서 거의 유례를 찾아볼 수 없는 윤리위원회, 중재위원회, 법원 등의 3원 구조를 채택하고 있는 한국의 현실에서 신문윤리위원회의 기능은 1981년 3월 31일 언론중재위원회가 설립된 이후에 급격히 약화되었다. 윤리위원회의 제재결정이 윤리적 차원에서 다루어지는 데 반해 중재위원회의 결정은 법률적 효력을 가지기 때문이다.
그래서 한국 신문계의 적극적인 의지와 관심이 필요할 만큼, 한국언론2천년위원회에서는 “한국신문윤리위원회를 만들었던 정신을 되살려 언론계를 대표하는 단체들이 모여 현행 윤리위원회 회칙에 규정되어 있는 약속을 엄격히 지키는 일을 하루빨리 해야 한다”고 촉구한 바 있다.