1906년 6월 20일 범어사 금어암에서 명정학교(明正學校)로 개교하였으며, 1908년 5월 1일 사립 명정학교로 인가받았다. 1916년에는 범어사 침계료에 중등 정도의 지방학림을 개설하였으며, 1919년 3월 31일에는 재학생들의 기미독립운동에 참가와 동래장날만세사건으로 인하여 폐교당했다. 1926년 3월에는 범어사 금정불교전문강원을 개원하여 명맥을 유지해왔으나 1943년 원감 김법린의 조선어학회 가담 사건으로 다시 폐원당했다.
1946년 3월에 4년제 금정초급중학교로 범어사 침계료에서 개교하였으며, 1947년 11월에 현재의 위치로 이전하였다. 1950년 8월에는 한국전쟁으로 인하여 군에 교사를 제공하고 청룡동 가교사로 이전하여 교육을 실시하였다. 2006년에는 『금정백년사』 발간과 함께 100주년 기념행사를 거행하였다.
건학이념은 대한민국 교육의 근본 이념에 입각하여 불타의 자비정신으로 인격이 완전하고 애국정신이 투철한 민주국가의 국민을 양성하는 것이며, 교훈은 ‘창조, 근면, 봉사’이다. 교육목표는 자비정신을 바탕으로 한 자주적이며 도덕성을 지닌 민주시민 육성이다.
2009년의 특색사업으로는 ‘지역사회와 연계한 평생교육의 활성화’를 추진하고 있으며, 학부모와 지역사회의 주민을 대상으로 여가선용강좌, 교양강좌, 현장체험교육, 취미생활강좌 등을 열었다. 2010년 3월 현재 28학급에 학생 983명, 교직원 54명이다. 2010년 2월 제64회 졸업식을 하였으며, 총 졸업생 수는 20,391명이다.