수원 지역에 일본인 이주자들이 급증하면서 일본 거류민 자녀들의 교육을 위해 설립되었다. 1906년 9월 28일 화성학교 내에서 7명의 일본인 학생들로 구성된 수원거류민소학교로 개교하였고, 이듬 해 학생 수가 20명으로 증가하였다. 1908년 학생 수의 증가로 교사가 협소해지자 일본인 거류민들의 기부금과 통감부의 지원금으로 수원향교 옆 현재의 위치로 교사를 신축하여 이전하였다.
1910년 수원심상고등소학교, 1912년 수원공립심상고등소학교, 1941년 수원공립국민학교로 교명을 변경하였다. 1945년 4월 26일 6학급으로 개교한 수원남수공립국민학교가 같은 해 11월 일제 패망 후 일본 학생들이 떠나 간 수원공립국민학교 교사로 이전하면서 12월 수원매산국민학교로 교명을 변경하였다. 1996년 매산초등학교로 교명을 변경하였다.
교훈은 ‘예절바르며 슬기롭고 건강한 어린이’이다. 역점사업으로 질서·청결·예절의 생활화, 기초·기본 학력 강화, 독서 교육의 충실, 창의성 과학 교육의 활성화에 힘쓰고 있다. 원어민과 함께하는 생활영어 교육의 활성화, 농구 기능 자율 급수제 운영을 특색사업으로 하고 있다.
특히, 남자 농구부가 전국소년체육대회를 비롯한 전국 규모 대회에서 여러 차례 우승하는 등 농구 명문학교로서 이름이 높다. 2010년 현재 특수학급 2학급을 포함하여 14학급에 340명의 학생이 재학하고 있으며, 교직원은 41명이 재직하고 있다. 2010년 2월 제65회 졸업식을 하였다.