1909년 공립고창보통학교로 설립되었다. 1921년 3월 29일 수업연한을 6년으로 연장하였다. 1922년 4월 1일 6학급 편성을 하였고, 1922년 11월 8일 현 위치로 이전하였다. 1938년 4월 1일 고창제일공립심상소학교로 개칭하였고, 10학급을 편성했으며, 2부제 수업을 실시하였다.
1941년 4월 1일 고창북공립국민학교라 개칭하였다. 1945년 9월 24일 고창국민학교로 개칭하였다. 광복 후 학생 수가 급격히 증가하여 1948년 9월 1일에는 34학급 편성을 하였다. 한국전쟁 이후에도 학생 수가 꾸준히 늘어 1957년 4월 1일에는 50학급의 대규모 학교가 되었다.
학생 수용 문제를 해결하기 위해 1958년 4월 1일 월산 분교장을 설치하였고, 이는 2년 후인 1960년 2월 15일 4학급 규모의 고창동국민학교로 승격 분리되었다. 학생의 분산 수용을 위해 이듬해인 1961년 4월 1일 13학급 규모의 고창남국민학교가 신설됨에 따라 본교의 학급 수가 34학급 규모로 축소되었다. 1968년 3월 2일 4학급 규모의 덕정분교장이 설치되었다.
1980년 10월 30일 소년체전 축구 결승전에서 본교팀이 우승하였다. 1981년 3월 9일 1학급 규모의 병설유치원이 개원하였다. 1992년 도산국민학교 폐교로 본교와 통합되었고, 1994년에는 고창동국민학교 폐교로 본교와 통합되었다. 1996년 고창초등학교로 개칭하였다. 1998년 고창서초등학교와 통폐합하였고, 2007년 병설유치원이 폐원되었다.
학교를 상징하는 나무는 소나무, 꽃은 백일홍, 새는 비둘기이다. 특색사업으로는 본교 교사들을 활용한 영어 방과 후 수업과 창의성 신장 교육을 실시하고 있다. 2010년 3월 현재 49학급 1,374명이 재학 중이다. 교직원은 교장 1명, 교감 2명, 교사 59명, 보건교사 1명, 그리고 행정 담당 일반직과 조리사, 보조교사 등이 28명으로 총 91명이다. 2010년 2월 12일 제96회 졸업식을 하였고, 총 누적 졸업생 수는 21,203명이다.