당시 벽촌이던 고흥에 근대교육을 실시하기 위해 중심지인 고흥읍에 1911년 7월 6일 흥양보통학교로 개교하였다. 1949년 4월 1일 고흥동국민학교로, 1996년 3월 1일 고흥동초등학교로 개칭되었다. 1995년 3월 1일 고흥남국민학교가 통합되었고, 1997년 3월 1일 고흥서초등학교가, 1999년 3월 1일 운대초등학교가 통합되었으며 2003년 3월 15일 병설유치원 2학급을 개원하였다. 2011년에 개교 100주년인 고흥군 초등교육의 산실이다.
고흥군 중심지 학교로 ‘원대한 꿈을 품고 알찬실력을 키우는 학교’라는 교육목적과 ‘고흥동 생활규범을 기본을 정직하고 예절바른 어린이’, ‘기초·기본 학력을 토대로 창의적이고 생각이 깊은 어린이’, 기초 체력을 바탕으로 심신이 건강한 어린이‘, 지·덕·체·기·예를 바탕으로 개성을 가꾸는 어린이’를 교육목표로 삼고 있다. 교목은 향나무이며 교화는 국화이다.
개교 100년 전통의 명문학교로서 현대사의 명망가를 많이 배출하였다. 대표적인 문화예술인으로 동요작가 목일신이 있으며, 꽃과 영혼의 화가로 불리며 1983년 은관문화훈장을 받은 천경자 화백이 있다.
운동장을 인조잔디로 조성하고 운동기구를 설치하여 사계절 내내 운동과 여가를 즐기는 방문객이 끊이지 않고 있으며 특히 겨울철에는 고흥공설운동장과 더불어 동계 축구 훈련지로 각광을 받고 있다. 2010년 3월 현재 43학급에 학생 1,151명, 교직원이다. 2009년 2월 제97회 졸업식을 하였고, 총 19,479명의 졸업생을 배출하였다.