1945년 5월 5일에 밀양공립공업전수학교(남녀공학)로 출발하여 1946년 9월 15일에 밀양공립초급중학교로 개편되었다. 1951년 9월에는 당시 학제 개편으로 인하여 3년제 중학교 18학급으로 재편되었다. 1953년 4월 15일에는 밀양여자중학교가 분리 인가 됨으로써 남자중학교가 되었다. 1954년 6월 17일에는 한국전쟁으로 인하여 제7육군 요양병원으로 사용하던 본 교사를 인수하였고, 동시에 밀양상업고등학교를 설립 인가받았다.
1958년 3월 21일에는 김해 상동중학교를 밀양중학교 상동분교로 개편 흡수하였으며(3학급), 1960년 4월 10일에는 밀양농잠고등학교 병설 중학교가 폐지되면서 소속 학생 180명을 2, 3학년에 편입하였다. 그리고 밀양중학교에 설치된 밀양상업고등학교는 분리 운영되었다. 1967년 3월 1일에는 상동분교가 분리 독립되었으며, 1971년에는 상남중학교가 분리 독립되었다. 2004년 3월 1일에는 특수학급을 1학급 신설하였으며, 2008년에는 특수학급을 1학급 증설하여 총 2학급으로 운영하고 있다.
교훈은 ‘부지런하고 예의바르며 배운 것을 실천하는 학생’이며, 교화는 잣나무, 교목은 목련이다. 교육목표는 미래사회를 주도할 지덕체를 갖춘 조화로운 인간육성이다. 학교 경영 방침은 개성존중, 다양한 인재 양성에 중점을 두고 책임지는 교육으로 학생이 행복하고, 교직원이 보람과 긍지를 느끼며, 학부모가 만족하는 학교를 만드는 것이다.
중점 과제로는 바른 심성을 길러주는 인성교육의 내실화, 기초 기본교육의 내실화, 국제화에 대비한 외국어 교육의 강화, 방과 후 교육활동의 활성화를 통한 소질 계발 교육을 추진하고 있다. 아울러 교기는 배트민턴이며, 독서교육도 매일 추진하고 있다. 해마다 학예제로 체육대회, 공연, 전시회 등을 하는 잣나무제를 개최한다.
2010년 3월 현재 25학급(특수학급 2학급 포함)에 학생 785명, 교직원은 43명이다. 2010년 2월 제64회 졸업식을 하였고, 총 20,227명의 졸업생을 배출하였다.