1980년대 이후 소형 잠수함을 이용한 북한의 대남침투가 여러 차례 있었다. 1983년 부산 다대포사건, 1985년 부산 청사포사건, 1996년 강릉사건, 1998년 속초사건, 1998년 강화도사건과 여수사건 등이다.
1983년 12월 3일, 부산 다대포에 침투한 북한의 반잠수정이 격침되었다. 1985년 10월 20일, 부산 청사포 앞바다에 침투한 반잠수정이 격침되었다.
1990년대 들어 남북고위급회담이 열리고 밀사가 남북을 오갔던 시기 이후에도 침투사건이 있었다. 1996년 9월 18일, 강릉 앞바다에 350톤급의 북한 잠수정이 기관 고장을 일으켜 현지 주민(택시 운전기사)의 신고로 발견되었다. 내륙으로 도피한 26명의 승무원 및 침투원 중 생포 1명, 사살 13명, 자폭 11명, 도주 1명이었다.
1998년 6월 22일, 9명을 태운 북한 잠수정이 강원도 속초 해안으로 침투했다. 그러나 속초 해안에서 어망에 걸려 표류하다가 추격을 받자 9명 모두 집단 자살했다.
1998년 11월 20일, 강화도 해역에 출몰한 북한 잠수정은 해군의 추격을 피해 북으로 도주했다. 같은 해 12월 18일, 북한 반잠수정이 여수 앞바다에 출몰했으나 격침되었다. 당시 금강산관광 등 남북교류협력 문제가 논의될 무렵이었다. 이 사건에 대해 북한 측은 남한의 자작극이라고 주장했다.
북한은 1980년대 이후 남한에 비해 해군 전력이 크게 뒤처지게 되자 잠수정·반잠수정 등의 대남침투 전력을 강화시켜 나갔으며 현재는 상당한 전력을 확보하고 있다. 김정일정권은 한·미 해군의 동·서해안 합동군사훈련에 대비하는 한편 유사시 즉각적인 대남침투를 위해서 잠수정 침투를 통한 도발을 계속하여 긴장상태를 유지할 것으로 보인다. 북한의 잠수정 침투는 금강산관광 등 남북관계가 개선되었을 때나 연평도해전 등 경색되었을 때나 가리지 않고 지속되었다. 그러므로 우리 정부는 북한의 도발에 신속하게 대응하고 타격하기 위해 잠수함 전력을 최첨단 현대식으로 증강시켜 나가야 하며 북한의 도발을 방지하기 위한 국제적 연대를 강화하면서 그들의 동태를 예의주시해야 할 것으로 판단된다.