1903년 2월 15일 일본경찰서 용산 순사 주재소에서 일본인 자녀들을 교육한 것에서 비롯되었다. 한일합병 전인 1905년 11월 1일에 용산소학교로 개교한 뒤 1911년 12월 23일에 경성거류민단 원정심상소학교 설립을 인가받았다. 1912년 4월 1일에 경성원정공립 심상소학교로 개칭하였다. 1918년 12월 5일 화재로 교사를 소실하였다.
1941년 4월 1일에 경성원정공립국민학교로 교명을 변경하였다. 광복 한 달여 뒤인 1945년 9월 24일 일본인 교장으로부터 오백동 교장이 학적 서류를 인수받았다. 1945년 11월 1일에 원정국민학교로 다시 개교하였으며 이듬해인 1946년 4월 1일에 서울남정국민학교로 교명을 개칭하였다. 한국 전쟁으로 휴교하였다가 1952년 6월 18일 문을 다시 열었다.
1981년 3월에 87학급을 편성하고, 특수 학급을 설치하였으며, 1983년 7월 28일 서울 원효국민학교로 학생 1,034명을 분리하였다. 1991년 6월에 본관 교사를 개축하였고, 1996년 3월 1일 서울 남정초등학교로 교명을 변경하였다. 1997년 3월에 병설유치원을 개원하였으며, 2005년 7월에 전자도서관을 개관하였다.
교훈은 ‘성실한 어린이, 슬기로운 어린이, 튼튼한 어린이’이며, 교목은 느티나무, 교화는 장미이다. 교육목표는 질 높은 교육활동을 전개하여 21세기 정보화 지식 기반 사회의 주역이 될 바른 인성과 창의력을 지닌 성실하고 능력 있는 어린이를 기르는 것으로, 희망과 꿈을 키워가는 즐거운 배움터, 수준별 교육을 실천하는 학교, 오고 싶고 머무르고 싶은 학교를 만드는 것이다.
과학교육 우수교, 학교 경영 우수교, 환경 교육 우수교, 서울시 교육청 생활 지도 우수 학교 등 다수의 표창을 받았다. 2010년 3월 현재 1학년 3학급, 2-3학년 2학급, 4-5학년 3학급, 6학년 4학급으로 편성되어 있으며 재학생은 404명, 교직원 34명이다. 2010년 2월 현재 제65회 졸업식을 하였고, 총 29,491명의 졸업생을 배출하였다.