1908년 11월 영양 군수 윤필오를 위시한 마을 유지들이 모여 읍내 영흥회를 가교사로 하여 사립영흥학교로 설립하였다. 1909년 4월 객사를 수축하여 교사를 이전하였다. 1909년 3월 사립영흥학교를 해산하고 4년제 공립보통학교 설립 인가를 얻어 사립영흥학교 학생과 재산 전부를 인계받아 같은 해 4월 1일 영양공립보통학교를 개교하였다.
1921년 2개 교실을 신축하고 1922년 4월부터 6년제 보통학교로 인가를 받았다. 1924년 4월 유교진흥회 영양분회에서 경영하던 여자명륜학당의 폐지와 함께 학생을 인수받아 4년제 여자보통학교를 병설하였다. 1926년 4월 1일 여자보통학교의 수업연한도 6년제로 연장되었다. 1938년 4월 1일 조선교육령의 개정에 따라 영양서부공립심상소학교로 개명하였다.
1941년에는 국민학교령의 시행에 따라 영양서부공립국민학교로 개명되었다. 광복 후 1949년 12월 31일 영양국민학교로 개칭되었으며, 1996년 3월 1일 영양초등학교로 이름을 바꾸었다. 2009년 3월 1일 교원능력개발평가 시범학교로 지정되었다.
교훈은 ‘감사하는 마음을 갖자’이며, 교목은 역사, 전통, 면학정신을 상징하는 은행나무이고, 교화는 깨끗함과 서로 사랑함을 상징하는 장미이다. 인간미 넘치는 창조적인 사람으로 성장할 수 있도록 운영하고 있다.
2010년 4월 현재 병설유치원 2개 학급을 포함하여 15개 학급에서 367명의 학생들이 공부하고 있다. 교사는 교장을 포함하여 25명이고, 직원은 11명이 근무하고 있다. 2009년 2월 17일 제96회 졸업식을 하였고, 총 11,421명의 졸업생을 배출하였다.