1987년 7월 14일 인천인혜학교 설립 인가를 받았다. 1993년 2월 19일 초등부 10명이 처음으로 졸업하였고, 1995년 2월 16일에는 중등부 16명과 고등부 13명이 첫 회 졸업식을 가졌다. 2005년 7월 13일에는 인천시 교육청 시범학교에 대한 보고회와 전환교육에 대한 시범수업을 공개하였다.
2008년 2월에는 전공과정 첫 회 졸업생으로 12명이 졸업하였다. 2010년 3월 1일 유치 1학급, 순회 3학급, 초등 11학급, 중학 10학급, 고등 10학급, 전공 3학급, 총 38학급 인가받았다.
학교 교육목표는 할 수 있다는 의지를 가진 사람, 몸과 마음이 튼튼한 사람, 자기 일을 스스로 하는 사람, 더불어 살아가는 사람, 자신의 능력과 소질을 가꾸어가는 사람으로 정하였으며, 학교 교목은 소나무로 굳건한 기상과 푸르른 희망 그리고 치솟는 전진을 의미한다. 학교의 교화는 개나리로 희망과 근기 그리고 명랑함을 의미한다.
2009년 학교 특색사업은 기본 생활능력 함양을 위한 멘토링 활동과 일상생활기술 인증제운영, 예능활동을 통한 자기 개발이었다. 방과후 교육활동 강좌 수는 각각 13강좌에 90명이 참가하였다. 2010년 4월 현재 35학급(유치 1학급, 초등학교 11학급, 중학교 10학급, 고등학교 10학급, 전공과 3학급)으로 편성되어 있으며, 228명의 재학생과 57명(기간제 교사 6명 포함)의 교사로 구성되어 있다.