1990년 4월 24일, 전국 83개 군 농민회와 6개 도 연맹이 모여 전국농민회총연맹(약칭 전농)이 창립되었다. 세계무역기구(WTO) 신자유주의 농업부문의 무차별한 시장개방에 맞서 무분별한 농축산물 수입개방을 막고 식량 자급과 환경 보전을 위하여, 농가부채와 농업말살정책에 맞서 농민의 정치·경제·사회적 권리와 복지실현을 위하여, 다가오는 통일시대의 우리 민족의 자주적 경제 건설을 위하여 창립되었다. 해방 이후 최대의 농민단체였다.
농민들의 권익을 보호할 자주적 농민단체들은 지역단위로 결성되어 활동했다. 지역 농민단체와 각종 농민운동단체를 전국 규모로 통합하여 1990년 4월 24일 오전 건국대 강당에서 전농 창립대회가 열렸다. 83개 군 농민회가 참여했고, 전국농민운동연합과 전국농민협회와 같은 농민운동단체는 해체되었다. 초대 회장은 권종대였다. 전농의 창립과 보조를 같이하여 5년 후에 노동자 조직인 전국민주노동조합총연맹(약칭 민주노총, 1995년 11월)도 창립되었다.
2011년 현재 전농은 9개 도 연맹과 100개 시·군 단위 농민회를 산하에 두고 있으며, 회장은 이광석이다. 한국 정부와 외국 사이에서 체결된 자유무역협정(FTA)이나 개별 농업협정에서 불합리한 부분에 이의를 제기하며 농민의 권익을 보호하고 그들의 주장을 대변하기 위한 노력을 계속하고 있다.