1919년 6월 11일 신리공립보통학교로 설립인가 후 1919년 10월 1일 개교하였다. 1956년 3월 1일 현 주소지로 이전한 후, 1996년 3월 1일 주문진초등학교로 개명 하였다. 90여 년의 역사와 전통이 있는 학교로 영동지역 인재 양성의 요람 역할을 해 왔다.
교훈은 ‘슬기롭게 착하게 튼튼하게 자라자’이며 교목은 소나무, 교화는 백일홍이다. 2010년 3월 37학급으로 편성되었으며, 현재 남학생 514명, 여학생 480명 등 994명이 재학하고 있으며 교직원은 55명이 근무하고 있다. 2010년 2월 제91회 졸업식을 거행하였다.