일제 당국의 공립보통학교 중심의 식민지 교육정책에 의해 설립되었다. 1911년 4월 1일 군내공립보통학교로 개교하였다. 1938년 군내공립심상소학교, 1941년 군내공립국민학교로 교명을 변경하였다. 6·25전쟁이 발발하면서 폐교되었다가 민통선 내 통일촌이 조성되면서 1973년 8월 21일 5개 교실을 신축하여 백련국민학교로 재 개교하였다.
1982년 교명을 군내국민학교로 복원하였고, 1996년에는 군내초등학교로 변경하였다. 2008년 파주교육청의 소규모 학교 통폐합 방침에 따라 폐교 결정이 내려졌으나 주민들의 노력으로 폐교 결정이 철회되어 오늘에 이르고 있다.
교훈은 ‘바르게 행동하고 창의적이며 특기를 신장시키는 어린이’이다. 독서교육 프로그램 적용을 통한 독서 능력 신장, 개별화 교육과정 편성 운영을 통한 학력 신장을 역점사업으로 하고 있다. 특색사업으로는 정보화 활용 능력 향상을 통한 자기 주도적 학습 능력 신장을 도모하고 있으며, 리코더 앙상블을 통한 조화로운 인격 형성에도 힘쓰고 있다.
2010년 6월 현재 6학급에 총 44명의 학생이 재학하고 있으며, 교직원은 15명이 재직하고 있다. 2010년 2월 제73회 졸업식을 하였고, 총 284명의 졸업생을 배출하였다.