1990년 3월 1일 유치부와 초·중·고등부학생 등 총 146명의 인원으로 개교하였다. 1991년 3월 1일 교육부 지정 CAI 프로그램개발 특수교육 연구학교로 지정되어 운영하였다. 1992년 3월 1일 유치부, 초등부 각 1학급씩 서울 보라매 분교장을 설치하였다. 1993년 3월 1일부터 1997년 2월까지 교육부 지정 개별화교육 심화방안 특수교육 시범학교로 지정받아 운영하였다.
1994년 12월 15일 교육부 장관으로부터 교육활동 유공학교 표창을 받았다. 1995년 3월 1일 서울 보라매 분교장 유치부 4학급을 증설하였고, 교육부 지정 특수교육 시범학교를 운영하였다. 2000년에는 개교 10주년기념행사와 함께 선진관을 개관하였고 2003년에는 선진자연학습원을 개원하였다. 2002년 5월 1일부터 교육부 지정 교육실습 특수교육 연구학교로 지정되어 운영하였다.
21세기를 주도할 자랑스런 한국인을 육성한다는 표제하에 학생이 행복한 학교로 운영하기 위하여 노력하고 있다. 사회적 통합을 목표로 ‘즐거운 마음으로 재미있게 가르치자’는 실천목표를 설정하고있다. ‘학생이 행복한 학교’라는 경영목표를 달성하고자 학생 스스로는 스스로 바르게 최선을 다하고, 교사는 자상하고 지혜롭게 교육하면서 전문성을 갖춘 교사 그리고 학부모는 자녀의 가능성을 발견하고 교사의 전문성을 믿으며 학교교육에 협력하는 학부모상을 강조하고있다.
교훈은 ‘스스로 바르게 최선을 다하는 학생’이며, 교목은 은행나무로 은혜에 보답하며 국가와 사회에 이바지하는 사람을 상징한다. 교화는 장미로 학생과 교직원 모두가 정열적으로 맡겨진 사명을 완수하는 것을 상징한다.
선진자연학습원은 학생들로 하여금 자연환경에 접할 기회를 확대하고 체험과 사회적 신체적 능력향상을 목표로 농업수업과 체험학습을 중심으로 운영하고 있다. 특히 원예활동, 전통음식만들기, 전통놀이, 환경체험, 기초생활훈련 등을 계절별, 학년별, 수준별로 실시하고 있다. 산학연계 전환교육은 사업체 현장에서 취업에 필요한 직장예절, 직업태도, 기본적인 직업기능향상에 주력하고 있다.
2010년 4월 현재 30학급(유치 1학급, 초등학교 12학급, 중학교 6학급, 고등학교 7학급, 전공과 2학급)으로 편성되어 있으며, 학생 수는 남학생이 138명, 여학생이 54명, 총 192명이다. 남자 교사는 22명, 여자 교사는 41명(기간제 교사 1명 포함)으로 총 63명이다.