연화사(蓮花寺)는 연산군의 어머니 폐비(廢妃) 윤씨의 극락왕생을 발원하기 위해 세운 사찰이다. 절 주변인 천장산(天藏山) 아래에는 윤씨의 무덤이 있었는데, 1504년(연산군 10)에 회릉(懷陵)으로 격상되었다. 그러나 1506년(연산군 10) 중종반정이 일어나 연산군이 폐위되자 회릉은 다시 회묘(懷墓)로 격하되었고 연화사 역시 쇠퇴하게 된다. 18세기 초반에 의릉(懿陵)이 절 인근에 조성되자 연화사는 다시 복구되어 의릉의 원찰로서 기능하였다. 의릉은 경종(景宗)과 계비(繼妃) 선의왕후(宣懿王后)를 모신 능이다. 1882년(고종 19) 임오군란 때 소실된 적이 있는데, 이듬해 복원하였다. 이후 수차례의 중건을 거쳐서 오늘에 이른다. 최근인 1998년에는 2층 규모의 대웅보전을 건립하였다. 한편 1884년(고종 21)에 작성된 「천장산묘련사중건기」에는 절 이름이 묘련사(妙蓮寺)로 언급되어 있는데, 당시 이 절에서 활동한 묘련이란 승려의 법명에서 유래된 것이라고 한다. 사찰 명칭이 언제 다시 연화사로 변경되었는지는 확인할 수 없다. 주법당인 대웅보전에는 석가여래를 주존으로하여 관세음보살과 지장보살이 협시로 봉안되어 있고 삼성각에는 약사여래를 주존으로 산신탱과 독성탱이 있다.