별기군은 1881년(고종 18)에 설치된 신식 군대이다. 부국강병책의 일환으로 신식 군사연습을 실시하는 계획을 세웠다. 오군문(五軍門)에서 신체가 강건한 지원자 80여 명을 특별히 선발하여 무위영(武衛營)에 소속시켜 창설하여 별기군 또는 별기대(別技隊)라고 불렀다. 군사훈련을 담당할 교사로 일본 육군병학교 출신 호리모도를 임명하여 왜별기(倭別技)라고도 불렀다. 임오군란이 일어났을 때 구식 군대의 습격을 받았고, 일본인 교관이 살해되었다. 새로운 군사 개혁으로 자리를 잡지 못하고 옛 군영체제로 바뀌면서 해체되고 오군문의 본대로 되돌아갔다.