본관은 의령(宜寧). 자는 장보(張甫)·계헌(季憲), 호는 고반(考槃)·정재(靜齋). 고조부는 좌의정 남지(南智)이고, 아버지는 부사 남치욱(南致勗)이며, 어머니는 지중추부사 유진동(柳振仝)의 딸이다. 이황(李滉)·김인후(金麟厚)의 문인이다.
어려서 이항(李恒)과 함께 인심도심설(人心道心說)을 토론하며 학문에 열중하였다. 그리고 정철(鄭澈)·변성온(卞成溫)·기효간(奇孝諫) 등과도 교유하였는데, 특히 이황은 ‘동방의 도학을 전수할 사람’이라고 하였다. 1568년(선조 1) 생원이 되고 학행으로 영의정 이탁(李鐸)의 천거를 받아 동몽교관(童蒙敎官)·빙고별좌를 제수 받았으나 취임하지 않았다. 그러나 곧 사직하여 전라도동복(同福)의 사평촌(沙坪村)에 정자를 짓고 인근의 선비들과 학문을 토론하며 서예에 열중하였다.