1393년(태조 2)에 설치된 의흥삼군부(義興三軍府)가 점차 그 권한이 비대화됨에 따라 중추원의 군사기능이 허구화되자 1400년(정종 2) 중추원을 의흥부에 합속시켜 녹관(祿官)을 갖는 삼군부로 발전시킬 때 종전의 동지중추원사가 동지삼군부사로 되었다.
그러나 이듬해 의흥삼군부가 승추부(承樞府)로 개편되고 군사기능과 출납기능이 통합된 고려초 이래의 중추원제도로 환원되면서 동지삼군부사는 없어졌다.
조선 말기 1865년(고종 2)에 초기의 관제가 다수 복구되는 추세 아래 삼군부가 일단 설치되고 1868년 그 관제까지 마련되면서 동지삼군부사도 다시 설치되었다. 그러나 1880년 삼군부가 폐지되고 그 직무가 새로 설치된 통리기무아문에 이관되면서 동지삼군부사도 폐지되었다.