본관은 남평(南平). 자는 중욱(仲郁), 호는 백련당(白蓮堂). 목사 문서(文敍)의 현손이다.
1592년(선조 25) 낭천현감(狼川縣監)에 보임되었고, 1599년 태인현감(泰仁縣監)으로 나아갔다. 청렴한 목민관으로 널리 알려졌으며, 벼슬을 그만두고 돌아올 때 관청에서 사용하던 말을 이용하지 않자 고을 사람들이 모두 숙연히 여겼으며, 비를 세워 그 청백성을 기렸다.
부모의 상을 당함에 움막을 지어 시묘(侍墓)를 하면서 효성을 다하니, 집 뜰에 있는 연못에 피어 있던 붉은 연꽃이 흰빛으로 변하였다. 이를 본 사람들이 문익주의 집을 가리켜 백련당(白蓮堂)이라 하였다. 이후백(李後白)과 교우하였다.