본관은 온양(溫陽). 자는 낙천(樂天). 할아버지는 병마절도사 방호의(方好義)이고, 아버지는 방원복(方元福)이며, 어머니는 안악이씨(安岳李氏)이다.
1588년(선조 21)에 무과에 급제하였다. 굳이 무장이 되고자 하였음은 증조부인 방윤(方輪)이 동북면 병마절도사로 있으면서 나라를 위하여 싸우다가 순직할 때 창(槍)을 내려주면서 앞으로 국난이 있을 때 나라를 지키라는 유언에 따른 것이다. 1592년에 임진왜란이 일어나자 100여 명의 의병을 모아 원균(元均)의 휘하에 들어가서 크게 활약하였다.
1597년에 정유재란이 일어나자 낙안군수(樂安郡守)였던 방덕룡은 부사(府使) 이영남(李英男), 만호(萬戶) 송여종(宋汝悰)과 함께 절이도(折爾島)에서 복병(伏兵)을 하였다가 적을 협공하여 크게 이겼다. 이듬해 통제사 이순신(李舜臣)의 선봉이 되어 노량해전(露梁海戰)에서 분전하다가 전사하였다. 형조참의에 추증되고, 선무원종공신(宣武原從功臣) 2등에 녹훈되었다.