대한불교조계종 제8교구 본사인 직지사(直指寺)의 말사이다. 922년(태조 5)에 승려 도선(道詵)이 창건하였다.
전설에 의하면, 도선이 산 너머에 있는 구성면 연곡(燕谷)에 절터를 닦고 목수를 불러 재목을 다듬는데, 까마귀들이 날아와서 재목을 다듬고 난 조각들을 자꾸 물어가기에 신기하게 생각하고 따라가 보니 지금의 봉곡사 터였다.
그 자리가 더 훌륭한 곳임을 판단한 도선은 자신이 미물인 새만도 못하다고 탄식하면서 자리를 옮겨지었다고 한다. 창건 이후의 자세한 역사는 전래되지 않으나 전성기에는 대웅전을 비롯하여 40여동의 당우와 오층석탑 · 석교(石橋) 등이 있었으며, 승려 1,000여명이 기거하였고 경남 일원과 전북 일원까지 말사(末寺)를 거느렸던 큰 절이었다고 한다.
그러나 임진왜란 때 소실된 후 소규모로 중건되어 오늘에 이르고 있다. 현존하는 당우로는 대웅전과 명부전 · 동상실(東上室)을 비롯하여 부속건물 2동이 있다. 대웅전은 1707년(숙종 33)에 세 번째의 중수를 거쳐 1916년에 단청과 함께 중수되었으며, 명부전은 1690년에 승려 대완(大完)이 중건하였고, 1908년에 중수하였다.