삼종선은 의리선(義理禪)·여래선(如來禪)·조사선(祖師禪)으로 분류된다. 의리선은 선을 언어나 문자 등으로 그 이치를 설명하는 것이고, 여래선은 교에 의지하여 자성(自性)의 본래 청정한 바탕을 바르게 체득하는 것이며, 조사선은 불립문자(不立文字)·교외별전(敎外別傳)의 선지(禪旨)를 곧바로 체득하는 선이다.
우리나라에서는 조선 후기에 백파(白坡)가 『선문수경(禪門手鏡)』을 저술하여 삼종선을 분류함에 따라서 여러 가지 주장이 대두되었다. 백파는 삼종선을 임제종의 개산조인 임제(臨濟)의 3구(句)로써 대비하였다. 즉, 조사선을 임제3구의 제1구인 인공인(印空印) 삼요(三要)에, 여래선을 제2구인 인수인(印水印) 삼현(三玄)에, 의리선을 제3구인 인니인(印泥印)에 각각 붙였다. 그리고 조사선과 여래선을 총칭하여 격외선(格外禪)이라 하고, 의리선을 최하급의 선이라고 하였다.
백파는 또 이들 삼종선을 정의하여 조사선은 진공(眞空)과 묘유(妙有)를 깨달아서 얻는 선의 경지이고, 여래선은 만법(萬法)을 통합하여 일심(一心)을 다루고 일심의 실재함을 증오(證悟)하는 선경(禪境)이라고 하였다. 그리고 의리선은 이치와 뜻에 있어서 유무 또는 현상과 실재의 관계는 판별하지만, 아직 유심(唯心)의 체험에 이르지 못한 구두선(口頭禪)을 가리킨다고 하였다.
백파의 이와 같은 설에 대해 의순(意恂)은 『사변만어(四辨漫語)』를 저술하여 의리선과 격외선, 여래선과 조사선, 살인검(殺人劍)과 활인검(活人劍), 진공(眞空)과 묘유(妙有)의 사변(四辨)으로써 백파의 주장을 반박하였다. 또, 홍기(洪基)는 백파의 『선문수경』이 전통적인 선에 관한 해석과 어긋나기 때문에 그것을 고쳐 바르게 한다는 뜻에서 『선문증정록(禪門證正錄)』을 지어 백파의 주장을 비판하는 한편, 고석(古釋)을 인증(引證)하여 그 잘못된 바를 지적하였다.
이에 대하여 백파의 문인이자 법손(法孫)인 유형(有炯)은 『선원소류(禪源遡流)』를 지어 의순과 홍기의 설을 다시 반박하고 백파의 주장을 지지하였다. 그 뒤 서진하(徐震河)는 『선문재정록(禪門再正錄)』을 지어 백파 등 여러 선사들의 주장에 대해 논술하였다. 서진하는 백파의 설에 대해 찬성도 하고 반대도 하였지만, 이들 여러 고승의 선에 관한 논란을 총정리하여 집대성하지는 못하였다. 이와 같은 삼종선에 관한 쟁변은 조선 말기의 불교계에 있었던 한 특징이라고 볼 수 있다.