대한불교조계종 제24교구 본사인 선운사(禪雲寺)의 말사이다. 875년(헌강왕 1) 국사 도선(道詵)이 창건하였고, 1394년(태조 3) 선사 각여(覺如)가 중수하였다. 조선을 건국한 태조 이성계가 등극하기 전 이곳에 와서 치성을 드리니 하늘에서, “앞으로 왕이 되리라.”는 소리가 들렸다고 하여 절 이름을 상이암으로 고쳤다고 한다.
1894년 동학혁명으로 불타버린 것을 1909년 선사 대원(大圓)이 중건하였다. 그 뒤 의병대장 이석용(李錫庸)이 이절을 근거지로 삼고 항일운동을 전개하였으므로, 왜병들에 의하여 다시 소실되었다가 그 뒤 중건되었지만, 6·25 때 다시 소각되었다.
지금의 건물은 1958년 11월상이암 재건위원들이 세운 것으로, 1958년 11월 28일자 『전북일보』에 의하면, 법당 상량식이 거행되는 동안 오색 서광(瑞光)이 원형을 그리면서 식장 위 하늘 높이 뻗는 광경을 보고 참가자들이 모두 감격하였다는 기사를 적고 있다. 현존하는 당우로는 법당을 비롯해서 칠성각 · 산신각 · 비각과 요사채가 있다. 유물로는 혜월(慧月)과 두곡(杜谷)의 부도 2기가 전라북도(현, 전북특별자치도) 문화재자료(현, 문화유산자료)로 1986년, 1995년에 각각 지정되었다.