불법(佛法)의 정통인 선리(禪理)를 탐구하고, 선풍(禪風)을 선양함으로써 불교중흥을 이룩하고자 만공(滿空)·용성(龍城)·혜월(慧月)·도봉(道峰)·석두(石頭)·남천(南泉)·상월(霜月) 등 여러 고승대덕(高僧大德)들이 중심이 되어 1920년 서울특별시에서 설립하였다.
일제강점기에는 서정희(徐正熙)·여운형(呂運亨)·신명균(申明均)·김법린(金法麟) 등 수많은 애국지사들의 독립운동의 요람이 되었고, 광복 후 불교정화의 산실이 되었다. 이처럼 호국(護國)과 호민(護民)의 뚜렷한 법통을 굳혀온 선학원은 1934년 12월 5일 재단법인 허가를 받아 오늘에 이르고 있다.
1973년 지하 1층, 지상 4층의 현대적 대가람으로 중창되었고, 선의 실수(實修)나 보급을 위하여 상설 선원(禪院)을 운영하고 있다. 현재 전국에 531개의 사암을 가지고 있으며, 산하에 선우회(禪友會) 등의 신행단체를 두고 있다.
월간지 『선원(禪院)』을 간행하고 있으며, 종로어린이집·반포어린이집 등의 시설도 운행하고 있다. 전국에 걸쳐 600개소의 분원을 보유하고 있으며, 2013년 현재 정산 법진(靜山 法眞)스님이 이사장으로 있다. 최근 조계종과 소속여부를 놓고 논란이 진행되고 있으나 아직 뚜렷한 결론은 도출하지 못하고 있는 상태이다.