한국기독교박물관은 원래 장로교 목사이며 고고학자인 김양선(金良善)이 1948년 4월 20일 미 군정청의 허가를 얻어 서울 남산에 있는 옛 조선신궁(朝鮮神宮)터에 개설하고 자기 소장품 사료들을 전시한 것인데, 6·25사변으로 건물이 파괴되는 등 수난을 겪다가, 박물관 부지마저 넘겨주지 않을 수 없게 되자 1967년 7월 21일 소장 사료 3,660점을 그가 교수로 봉직하고 있던 모교인 숭실대학교에 기증하여 부설 기독교 박물관으로 새로 발족하게 되었다.
현재 기독교 문화실, 고고실, 기독교미술실, 독립 운동 기념실, 연구실의 5실로 나누어져 있으며, 연구과와 서무과의 두 부서를 두어, 약 7,000점에 달하는 각종 사료들을 전시하고 있다.
그 가운데 주요한 사료로는 양의현람도(兩儀玄覽圖)·예수셩교젼서·금강산 경교비(金剛山景敎碑)탁본·석제경교십자가·경교성서·누가복음서(1882년)·대동여지도·강관필담(江關筆談)·단발령·신약마가전언해(1884년)·한일통상조약연회도·정문경(국보, 1971년 지정)·빗살무늬토기·비파형동검(琵琶形銅劍)과 안중근(安重根)의 유묵 등이 있다.